Muziejus įkurtas 1928 m. Dzūkų kraštotyros draugijos iniciatyva.
Įkurto muziejaus ekspozicija yra turtinga archeologijos, numizmatikos, etnografijos, spaudos, fotografijos ir kitokių kolekcijų. Muziejuje nuolat veikia trys ekspozicijos salės, kuriose galite susipažinti su Dzūkijos istorija nuo seniausių laikų iki pokario, XX a. pr. valstiečių buitimi, verslais, amatais. Muziejaus žaliajame kampelyje eksponuojama 415 drugelių kolekcija.

Muziejuje saugoma daugiau kaip 56 377 eksponatai, kurie datuojami nuo mezolito laikotarpio iki 1999 metų. Tai istorinė, etnografinė, archeologinė medžiaga, patekusi į muziejaus fondus iš Pietų Lietuvos rajonų: Alytaus, Varėnos, Lazdijų, Druskininkų.

Muziejuje saugomos įspūdingos Dainavos krašto už Lietuvos nepriklausomybę panoraminės nuotraukos, daiktai ir dokumentai, skulptūra ir paveikslai, persipindami ir papildydami vienas kitą pasakoja apie Pietų Lietuvos žmonių kovą už Lietuvos nepriklausomybę.

Nuo akmens amžiaus radinių iki Antrojo pasaulinio karo pradžios dzūkiškų spalvų audiniais išryškintose vitrinose užfiksuota tai, prie ko širdimi ir rankomis prisilietė geraširdis dzūkas.
Muziejuje rodomas XX a. pr. dzūko valstiečio sodyba.

Tai Ekspozicinė erdvė, pratęsta didžiulėje fotomenininko Vytauto Stanionio panoraminėje nuotraukoje, suskirstyta į kiemą ir gyvenamąjį namą. Rodomas kuklus "gyvenimas", kuriame visi daiktai - nuo vežimo be vinies iki duonkepės krosnies autentiški - alsuoja dzūko širdies šiluma.

Alytaus kraštotyros muziejuje vyksta stacionarios parodos. Linų apdirbimo įrankiai, staklės, skrynios bei dzūkiškomis spalvomis ir jų deriniais išmarginti audiniai - tai, kas dzūkių išausta, sugalvota, papasakota.
Taip pat ir kalvystės amatą atspindinti paroda.

Muziejuje rengiamos ir dailės, tautodailės, fotografijos bei teminės parodos iš muziejaus rinkinių.
Paruošti 25 edukaciniai užsiėmimai istorine, verslų ir amatų, kalendorinių švenčių tema. Jie nuolat atnaujinami, papildomi. Apskrities mokytojai su jomis supažindinami per konferencijas bei seminarus.
Alytau kraštotyros muziejus globoja Alytaus miesto mokyklų muziejus.

Mieste yra trys šio muziejaus filialai:
Anzelmo Matučio memorialinis muziejus
Tinklalapis: http://www.alytausmuziejus.lt/matutis

Muziejus atidarytas 1988 metais.
Rinkinį sudaro knygos, A. Matučio rankraščiai, mašinraščiai, asmeniniai daiktai, fotografijos, epistolinė medžiaga.
Ekspozicijoje ,,Memorialinis Anzelmo Matučio kabinetas” eksponuojami baldai, asmeninė biblioteka, paties rašytos knygos, suvenyrai, rašymo reikmenys, juostos, padovanotos poetui susitikimų ir švenčių metu, H. K. Andersono diplomas, 1984 m. A. Matučiui įteiktas už eilėraščių rinktinę „Margaspalvė genio kalvė“.
Ekspozicija ,,Dvylikos svečių lauktuvės” skirta poeto pomėgiams: kelionėms, žūklei, gamtai. Čia rodomi dailininkės Albinos Makūnaitės iliustracijos A. Matučio knygai „Dvylikos svečių lauktuvės“ bei fotomenininko Vytauto Stanionio triptikas „Matučio drevė“.

Muziejuje organizuojami ir mokomieji užsiėmimai įvairių klasių moksleiviams.
Muziejuje rengiamos vaikų dailės kūrybos parodėlės.

Specialių edukacinių užsiėmimų, parengtų moksleiviams pagal A. Matučio kūrybą, organizavimas.
Poeto gimtadienio proga kasmet muziejuje vyksta įvairūs renginiai: vaidinimai, susitikimai, vaikų kūrybos konkursai.

Antano Jonyno memorialinis muziejus
Tinklalapis: http://www.alytausmuziejus.lt/jonynas

Muziejus įkurtas 1989 m. name, kuriame gyveno rašytojo Antano Jonyno (1923-1976) tėvai ir kur prabėgo jo vaikystė. Čia A. Jonynas gyveno iki septyniolikos metų, kai dėl ligos neteko regėjimo ir išvyko mokytis į Kauną.
Muziejaus steigėjas - Lietuvos aklųjų ir silpnaregių sąjunga.

Muziejaus vadovė - Rasa Balčaitienė.
Muziejaus rinkinį sudaro Antano Jonyno knygos, rankraščiai, tame tarpe Brailio raštu, fotografijos, foto negatyvai, rašytojo asmeniniai daiktai.

Ekspozicijoje ,,XX a. trečio dešimtmečio Alytaus miestiečio gyvenamasis kambarys” pavaizduota Jonynų šeimos gyvenamoji aplinka: sienas puošia šeimos nuotraukos, eksponuojami baldai, užtiesalai iš Mortos Jonynienės skrynių, knygos, kiti reliktai bei šios garsios giminės genealoginis medis.

Ekspozicijoje ,,Antano Jonyno gyvenimas ir veikla” eksponuojamos knygos, Brailio rašto reikmenys, poeto asmeniniai daiktai, dokumentai, kurie pasakoja apie jo kūrybą bei veiklą Lietuvos aklųjų ir silpnaregių sąjungoje.
Muziejaus kiemelyje organizuojami tradiciniai poezijos pavasariai. Taip pat ir susitikimų – vakarai su poetais, rašytojais bei aktoriais. Organizuojama ir rudens poezijos – muzikos šventė. Pagal užsakymus rengiami specialūs edukaciniai užsiėmimai moksleiviams.

Taip pat ir Alytaus kraštotyros muziejaus filialas „Skrydis“

Muziejuje sukaupta medžiaga legendiniam S. Dariaus ir S. Girėno „Lituanika“ skrydžiui atminti: beveik viskas, kas rašyta Lietuvos ir kitų kraštų spaudoje nuo 1933 m. liepos mėn. vidurio. Kolekciją sudaro apie 2000 eksponatų. Eksponuojamos fotonuotraukos, paveikslai, numizmatikos ir filatelijos eksponatai, „Lituanikos“ oranžinio brezento skiautė, 1934 m. JAV išleisti pašto ženklai, skirti skrydžiui paminėti, kapsulė su žeme iš lakūnų žuvimo vietos.

Vaida Volungevičiūtė