Tai vienintelis Vilniuje renesansinių pastatų ansamblis, įspūdingai derantis prie šalia esančių gotikinių Šv. Onos ir Bernardinų bažnyčių. Bažnyčios interjeras labai turtingas ir vis dėlto pasižymintis rimtimi. Prie didžiojo marmurinio altoriaus yra Leono Sapiegos ir abiejų jo žmonų antkapinis paminklas. Tai didžiausias Lietuvoje memorialinis statinys, turintis baroko ir manierizmo bruožų. Atskirai stovinti barokinė varpinė pastatyta XVIII a. pradžioje. Jos viršūnėje yra geležinė vėtrungė, vaizduojanti Šv. Arkangelą Mykolą, pamynusį velnią.

Šv. Pranciškaus Trečiojo ordino regulos seserų observančių (bernardinių) bažnyčios statybą 1594 m. fundavo ir savo lėšomis pastatydino iš kalvinizmo atsivertęs LDK kancleris, Vilniaus vaivada Leonas (Levas) Sapiega (1557-1633), paskyręs ją Užupyje gyvenusioms vienuolėms bernardinėms. Vienuolyno perdavimo dieną, dalyvaujant bernardinų provincijolui, įvyko iškilmingos sesers Teofilės Sapiegaitės, fundatoriaus dukterėčios, įvilktuvės. Kartu bažnyčia buvo numatyta kaip Sapiegų šeimos mauzoliejus - tai pirmoji tokio pobūdžio šventovė Lietuvoje. Netoliese stovėję Sapiegų rūmai, pristačius naujus pastatus, netrukus pertvarkyti į 24 seserims gyventi pritaikytą vienuolyną, todėl, nors bažnyčios statyba užsitęsė keliasdešimt metų (baigta vadovaujant mūrininkui J. Kajetkai,1627 m.), tačiau keliolika vienuolių iš Užupio vienuolyno į naująsias patalpas persikraustė jau 1596 m. (į Šv. Mykolo konventą iš Užupio perėjo tos seserys, kurios sutiko priimti klauzūrą, kitos liko senajame vienuolyne).

Bažnyčia smarkiai nukentėjo per 1655 m. karą (atnaujinimo darbai vyko iki 1673 m.). Vadovaujant vienuoliui Ch. Losovskiui, šventoriuje sumūryta galerija procesijoms. 1706-1716 metais pastatyta keletas altorių. 1715 m. pastatytas vartų bokštas - varpinė, sujungta su 1703 m. procesijų galerija ir aukšta tvora. Apatiniame varpinės tarpsnyje įrengti vartai. Bažnyčioje buvo keletas altorių su vertingais paveikslais, tačiau labiausiai šventovę išgarsino stebuklingu laikomas Švč. Mergelės Marijos su kūdikiu paveikslas. Šis Dievo Motinos atvaizdas jau XVI a. pradžioje buvo ypač gerbiamas Bernardinų bažnyčioje. Fundatoriaus pageidavimu ir rūpesčiu 1629 m. paveikslas iškilmingai perneštas į Šv. Mykolo bažnyčią, kur buvo pertapytas (iš senojo atvaizdo liko tik Marijos veidas). Naujoje vietoje paveikslas dar labiau išgarsėjo stebuklingais įvykiais ir žmonių patiriamomis malonėmis. Komisija, vadovaujama Vilniaus vyskupo Aleksandro Sapiegos, dar 1670 m. paveikslą paskelbė stebuklingu, o vienuolyno vyresnioji Konstancija Sokolinskaitė 1671 m. aprašė jo istoriją ir stebuklus. XVII a. prie paveikslo patiriamas gausias malones liudijo daugybė votų, atvaizdą dengė auksuoto sidabro aptaisas. Tuo metu tai buvo labiausiai gerbiamas Vilniuje Dievo Motinos atvaizdas. 1750 m. spalio 8-10 dienomis paveikslas buvo iškilmingai vainikuotas-Marijos ir Kūdikėlio galvas papuošė brangios karūnos, kurias bernardinų provincijolas Pranciškus Savičius atvežė iš Romos.
Pamaldų metu seserys rinkdavosi vargonų balkone (todėl bažnyčioje nėra įprastinio vienuolių choro presbiterinėje dalyje), jos grodavo įvairiais instrumentais.

1693 m. vienuolyno viršininkė įkūrė Šv. Mykolo broliją, kuriai priklausė išimtinai bernardinės iš Slonimo, Gardino, Kauno bei abiejų Vilniaus vienuolynų.

Dar 1633 m. vienuolyną vizitavęs Popiežiaus nuncijus surašė seserims vienuoliško gyvenimo konstituciją. Dėl XVII a. vidurio karo sumaišties ir ekonominių sunkumų vienuoliško gyvenimo tvarka pašlijo, imta nesilaikyti kai kurių konstitucijos punktų: klauzūros nebuvo griežtai laikomasi, vienuolyne gyveno ir pasaulietės merginos. Seserų gyvenimo būdą dar kartą bandyta sugriežtinti po pranciškonų observantų provincijolo vizitacijos 1766 m. vasarą. Šios vizitacijos metu paaiškėjo netvarka vienuolyne: parlatorijose seseris nuo lankytojų skiriančios grotos buvo per daug retos, bažnyčios choro grotelės taip pat per mažai slėpė vienuolių figūras nuo smalsių žvilgsnių, bažnyčios šoninėje sienoje buvo du dideli langai iš vienuolyno, neatskirti jokiomis grotomis. Per šiuos langus „ne tik pasauliečiai, bet ir vienuolės dažnai mišių ir pamokslo klausė, o dar dažniau savo smalsumą tenkino”. Paaiškėjo, kad nebuvo ir tinkamo noviciato: novicėms buvo skirta tik viena tamsi celė, jos dažniausiai gyveno išskirstytos po visą vienuolyną, o žiemą glaudėsi infirmarijoje. Nustatyta, kad ūkiniai pastatai netvarkingi, ūkinis kiemas deramai neatskirtas nuo gyvenamosios vienuolyno teritorijos. Vienuolynas turėjo savus amatininkus, veikė nedidelis bravoras.

Bernardinės globojo ir auklėjo mergaites, dažniausiai neturtingas bajoraites: mokė jas religijos pagrindų, rašybos, skaitymo, muzikos, prancūzų kalbos, siuvimo ir siuvinėjimo. Tai buvo tarsi pensionas, kuriame vienuolių išlaikomos nuolat gyveno apie 50 mergaičių.

1864 m. į vienuolyną atkeltos seserys iš panaikinto Užupio bernardinių vienuolyno.

1869-1870 metais rekonstruojant aikštę ir tiesiant naują gatvę, nugriauta dalis pastatų, Šv. Mykolo bažnyčios šventoriaus barokinė tvora su puošniais vartais, kurios vietoje pastatyta nauja klasicistinė tvora. 1886 m. vienuolėms pranešta apie vienuolyno likvidavimą, gegužės mėn. 6 d. trys telikę vienuolės perkeltos į benediktinių vienuolyną prie Šv. Kotrynos bažnyčios. Pastatai perduoti mergaičių gimnazijai. 1888 m. bažnyčia uždaryta, apgadintas interjeras. 1905 m. Sapiegų rūpesčiu bažnyčia grąžinta jiems kaip šeimos mauzoliejus, nuo 1912 m. vėl vyko pamaldos. Šventovė suremontuota, tuo metu į ją grąžintas „Sapiegų Madonos” paveikslas, laikinai saugotas Bernardinų bažnyčioje. 1921 m. atsikūrė vienuolynas (veikė iki 1949 m.), buvo atidarytas noviciatas. Seserys dirbo vaikų darželyje, pradžios mokykloje, buvo atidarę audyklą, iš kurios pajamų pragyveno. 1938 m. Vilniaus bernardinų konvento prašymu, šio ordino provincija perėmė kapelioniją prie Šv. Mykolo bažnyčios. Kapelionas kartu ėjo ir bažnyčios rektoriaus pareigas. 1937 m. balandžio 4 d. Šv. Mykolo bažnyčioje buvo pakabintas pirmasis „Gailestingojo Jėzaus” paveikslas, 1934 m. nutapytas Edmundo Kazimierovskio pagal žymios XX a. mistikės Šv. Faustinos Kovalskos, Švč. Mergelės Marijos gailestingumo kongregacijos sesers, regėjimus. Šiuo metu paveikslas yra Vilniaus Šv. Dvasios bažnyčioje. Pastaruoju metu sesers Faustinos skatintas pamaldumas Gailestingajam Išganytojui sparčiai plinta.

1948 m. Šv. Mykolo bažnyčia vėl buvo uždaryta. 1956 m. joje įkurtas Architektūros muziejus. Vienuolyno pastatai apleisti, dalis jų priklauso muziejui. Devintajame dešimtmetyje atgaivinę veiklą seserys bernardinės šiuo metu gyvena Rudaminoje.

Vienuolyno teritorija prieš tiesiant naują gatvę buvo išplitusi iki pat Vilnios. Dabar vienuolyno namai susideda iš keturių dviaukščių korpusų. Namai ir bažnyčia išdėstyti aplink uždarą kvadratinį kiemą. Pastatų suplanavimas pakitęs, tačiau išlikę keletas vienuolyno laikus menančių elementų: Sapiegų herbu ir reljefiniu ornamentu puoštu skliautu perdengtas refektorius, vienoje patalpoje tebestovinti unikali didžiulė krosnis.

Bažnyčios architektūros formos tebėra mažai pakitę. Atkreiptinas dėmesys į gražų skliautą, kurį puošia iškilios braukos, sukurtos iš tinko masės ir suformuotos į aštuonkampių, žvaigždžių, širdžių, įgaubtų keturkampių formos rėmus, kuriuose nulipdytos įvairių formų ir dydžių rozetės, centre įkomponuotas fundatoriaus L. Sapiegos herbas. Nors netekęs paveikslų, išliko retas Lietuvoje renesansinių formų altorius iš įvairiaspalvio marmuro ir alebastro (sukurtas XVII a. I-oje pusėje). Bene vertingiausia, kas išliko iš kadaise puošnaus interjero-antkapiniai Sapiegų paminklai: fundatoriaus Leono Sapiegos ir jo dviejų žmonų (E. Radvilaitės ir D. Firlėjūtės) antkapinis paminklas, pastatytas apie 1633-1636 metus (greičiausiai skulptoriaus S. Salės dirbtuvėje); marmurinis Jono Stanislovo Sapiegos paminklas, sujungtas su zakristijos portalu, sukurtas 1638-1643 metais; prie pietinės sienos nuo XVII a. 4-ojo dešimtmečio buvusi marmurinė Kristupo Sapiegos epitafija po Antrojo pasaulinio karo perkelta į laiptus, vedančius iš vienuolyno į vargonų chorą. Tai vieni vertingiausių antkapinių paminklų Lietuvoje. Bažnyčios kriptoje iki dabar ilsisi daugelio Sapiegų, tarp jų ir vienuolyno fundatoriaus, palaikai. Garsusis „Sapiegų Madonos” paveikslas, negandų metus išgulėjęs muziejaus saugykloje, kol kas glaudžiasi Vilniaus katedroje. Lietuvos dailės muziejaus rinkiniuose yra keletas Šv. Mykolo bažnyčios altorinių paveikslų („Šv. Klara”, „Šv.Mykolas”).

Bažnyčioje veikia Sakralinio meno muziejus.
Iš http://vienuolynai.mch.mii.lt