XVI a. pabaigoje jėzuitų kunigo Simono Visockio iniciatyva, Rudnikų priemiestyje, buvo pradėta mūrinės bažnyčios statyba. Statybos darbai buvo baigti 1600 m., 1604 m. čia vyko pirmosios Š. Kazimiero kanonizacijos iškilmės.

Visi iškilmingi karalių, kunigaikščių, karvedžių sutikimai prasidėdavo nuo šios bažnyčios, toliau eidavo Rūdninkų gatve ir tik tada pasiekdavo Rotušę, Valdovų rūmus, Vilniaus Katedrą. Visos iškilmės viduramžyje viduramžyje prasidėdavo šioje bažnyčioje. Užsimerkite ir mintyse pamatykite kaip miestelėnai, apsirenge tuometinėmis drapanomis iškilminga eisena eina Rudnikų gatve.

Švedų anplūdžio metu 1665 m. bažnyčia jų buvo nuniokota ir apiplėšta. 1715 m. bažnyčia atiduota vienuolių rokitų globai. Prie bažnyčios jie pristatė savo globėjo Šv. Roko koplyčią. 1808 m. architektas p. de Rosii bažnyčią rekonstravo.

Po 1863 m. sukilimo Rusijos carinės valdžios bažnyčia buvo nacionalizuota ir joje buvo įrengtas kalėjimas.

1926 m. čia įsikūrė akmenskaldžiai. Sovietiniais metais joje buvo įkurtas gamyklos cechas, sandėliuotos medžiagos. 1975 – 1976 m. Šv. Stepono bažnyčios pastatas perduotas Vilniaus Jaunimo teatrui.

Vertingiausia Šv. Stepono bažnyčios dalis – fasadai. Juose yra sgrafitas, dėl kurios pakyla visos bažnyčios vertė. Šv. Stepono bažnyčios sgrafitas ilgą laiką buvo užtinkuotas, o prieš ketverius metus atidengtas. Dabar, tvarkant fasadus, sgrafitas sutvirtinamas, konservuojamas ir restauruojamas.

Sgrafitas (it. – „raižytas“, panoramose pasididinę galite jį apžiūrėti) yra sienų tapybos dekoravimo technika, kai ant gruntuoto paviršiaus dedami keli skirtingų spalvų tinko sluoksniai. Sgrafito tinko skiedinys yra maišomas su anglimi, taip išgaunant tamsią spalvą, kuri puošybos elementuose sudaro kontrastą. Sgrafito ornamentinis frizas yra išgaunamas ant išdžiūvusio, su anglimi sumaišyto tinko tepant šviesų tinką. Jam dar nespėjus sukietėti, specialios technologijos pagalba išpjaustomas ornamentas ─ taip išgaunamas spalvotas reljefinis piešinys.