1870–1881 m. klebono kun. Antano Lesnevskio ir vikaro kun. Jono Siaurusaičio rūpesčiu Vilkaviškyje pastatyta mūrinė neoromaniško stiliaus bažnyčia. 1884 m. vysk. Juozapas Oleka ją konsekravo Švč. Mergelės Marijos Aplankymo titulu. 1926 m. įsteigus Vilkaviškio vyskupiją, ši bažnyčia tapo katedra.

II Pasaulinio karo metu katedra beveik nenukentėjo: buvo apgriauti bokštai ir sienos, pramušti skliautai. Jos remontui būtų pakakę pusės metų, tačiau sovietinė valdžia katedros remontuoti neleido ir pabaigė ją griauti. Pamatai buvo užpilti žemėmis ir apaugo krūmais. Katedros vietoje įrengtas skveras.

Vilkaviškio vyskupijai atgavus pilną savarankiškumą, nuspręsta statyti naują katedrą ant senosios pamatų. Tai buvo nelengvas darbas, nes senasis katedros projektas neišlikęs. Naują statybos projektą parengė Dailės Akademijos docentas J. Palaima, remdamasis senomis fotografijomis ir žmonių prisiminimais.

Parapijos klebonas kun. Vytautas Gustaitis ir architektų grupė, vadovaujama prof. Vytauto Nasvyčio, 1991 m. pradėjo katedros statybą. Tų pačių metų rugpjūčio mėnesį pašventinti pamatai. Pašventinimo iškilmėse, be vysk. Juozo Žemaičio MIC, dalyvavo šioje parapijoje darbavęsi Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius SJ ir Panevėžio vyskupas Juozas Preikšas. Į pamatą įdėta kapsulė su katedros istorija, pamatų projektu ir statytojų vardais. Vysk. Juozas Žemaitis MIC įmūrijo pirmą akmenį.
Ne tik parapijiečių, bet ir visos vyskupijos bei geradarių iš užsienio remiami darbai vyko gana sparčiai ir buvo baigti 1998 m. pirmoje pusėje. 1998 m. liepos 11 d. naująją Vilkaviškio katedrą konsekravo vysk. Juozas Žemaitis MIC, dalyvaujant Apaštaliniam Nuncijui arkivyskupui Erwin Josef Ender, Respublikos prezidentui J. E. Valdui Adamkui, Vilniaus ir Kauno arkivyskupams metropolitams Audriui Juozui Bačkiui ir Sigitui Tamkevičiui SJ, Paderborno (Vokietija) arkivyskupui Johannes Degenhardt, Kölno kardinolo augziliarui vyskupui Manfred Melzer, Elko (Lenkija) vyskupui Wojciech Ziembai, kitiems Lietuvos ir Lenkijos vyskupams, kunigams bei garbingiems svečiams ir minioms tikinčiųjų.

1998 m. rugpjūčio 23 d., švenčiant šv. Jono Krikštytojo Nukankinimo atlaidus, buvo perskaitytas dekretas, kuriuo kanauninkui Vytautui Gustaičiui Šventasis Tėvas suteikė garbės prelato titulą. Taip buvo įvertintas jo darbas atstatant sugriautą katedrą.

2001 m. rugsėjo 2 d. katedroje iškilmingai paminėtas Vilkaviškio vyskupijos 75-erių metų jubiliejus. Iškilmėse dalyvavo Lietuvos ir kaimyninės Lenkijos episkopatų, Seimų ir Vyriausybių, vyskupijos teritorijoje esančių apskričių, miestų ir rajonų valdžios atstovai, katalikiškųjų organizacijų nariai, kunigai, seserys vienuolės, Palaimintojo Jurgio Matulaičio kunigų seminarijos auklėtiniai ir gausi minia tikinčiųjų.