In den Jahren 1830-1840 verbreitete sich in Vilnius Haskala, die weltliche jüdische Erleuchtungsbewegung. Schon in den Jahren 1820-1830 erschienen die ersten weltlichen Ausgaben, „Die Bücher der Geschichte“, übersetzt von dem ersten prominenten Schriftsteller der Haskala Periode, Mordechaj Grinsburg (1795-1846). Die Gedichte von Abraham Dov Lebenson (1794-1876) erschienen kurz darauf. Auf dem Gymnasium von Vilnius erschienen die ersten jüdische Schüler. 1846, bei der Bestattung des Schriftstellers M. Ginsburgs kamen die jüdischen Aufklärer zu der Meinung, daß sie einen Raum für Ihre Zusammenkünfte bräuchten und beschlossen eine eigene Synagoge einzurichten. Diese Initiative wurde von der Regierung unterstützt und 1847 wurde die Erlaubnis zur Eröffnung der Synagoge erteilt. Die Synagoge bekam den Namen Tahorat Hakodeš (Die Säuberung des Heiligtums). Sie war orthodox, die Bräuche wurden jedoch nach dem Vorbild des reformatorischen Judentums in Deutschland durch Chorgesang begleitet. Deswegen wurde die Synagoge Chorale genannt. Im XIX. Jahrhundert fand die Synagoge in verschiedenen Räumen statt. 1899. erwarb die Leitung der Synagoge von dem Händler V. Elijasbergas ein Grundstück an der Straße Savalna (Pylimo). 1902 übernahm der Architekt Davidas Rosenhausas die Planung und im September 1903 zum Ros-Hasana, dem jüdischen Neujahr wurde die Synagoge eingeweiht. Das Gebäude hat mauretanischen Stil. In der ersten Etage entstanden die Räume für die Frauen und für den Chor.

An der feierlicher Eröffnung der Synagoge nahm der berühmter Historiker Simonas Dubnovas teil. In seinen Erinnerungen schrieb er: „Die Verwaltung der choralen "Taharat Hakodes" Synagoge hat für mich einen Ehrenplatz neben der östlichen Mauer ausgewählt. Meine Seele durchdrang der traurige Gesang der feierlicher Hymne „Unetane tokef“, gesungen von dem Kantor Bernsteinas“. Abraomas Bernsteinas (Abraham Bernstein 1866-1932) war einige Jahrzehnte lang der Kantor der Choraler Synagoge. Er war auch ein berühmter Komponist, der circa 150 Musikstücke nach jüdischer Thematik schrieb. Sein Schüler war Mosche Kusevizkis (Kusewitzki1899-19966), der im Chor der Synagoge Anfang der dreißiger Jahre sang. Zwei Jahre lang predigte in der Synagoge der bekannte Zionist; Schriftsteller und Vertreter der russischen Duma der Stadt Vilnius, Schmarjahu Levinas (Lewin). Im XIX. Jahrhundert besuchten die Synagoge die bekannten Schriftsteller Abraomas Dovas Lebensonas (Abraham Dov Lebensohn), Aisikas Mejeris Dikas (Aisik Meyer Dik), Kalmanas Šulmanas (Kalman Schulman) und Rabbiner Selig Minoras (Minor), der der Synagoge eine wertvolle Bibliothek hinterließ.

Vor dem ersten Weltkrieg wurde die Synagoge von bekannten Juden der Stadt besucht: von dem Schriftsteller Samuel Leib Zitron (1860-1930), dem Händler Josef Schabad (dem Vater des späteren Leiters der jüdischen Gemeinde Zemach Schabad), dem Architekten der Synagoge David Rosenhaus (ermordet 1941 in Paneriai), dem Staatsmann , Händler und Leiter des ersten Judenrats ( Juli-August 1941) Saulius Trockis (Saul Trotzki), (getötet bei Liquidation des ersten Judenrates 1941 in Paneriai ermordet), die Bankiers und Staatsmänner Bunimowicz, das Mitglied der Verwaltung der Gemeinde Efraimas Pruzanas (Ephrahim Pruzham),(ermordet 1941 in Paneriai) und viele andere Aktivisten der jüdischer Gemeinde.

Die Synagoge „Tharat Hakodes“ , ist eines der wenigen nach dem zweiten Weltkrieg übriggebliebenen Gebetshäuser. (In den vierziger Jahren standen in Vilnius mehr als 102 jüdische Gebetshäuser.)

In den letzten Jahren wurde die Synagoge restauriert. Öfters kamen und sangen hier berühmte Kantore wie der berühmte jetzige Kantor Josefas Malovanis (Joseph Malovani), dem ehrenhalber der Name Honorar-Kantor der Synagoge von Vilnius verliehen wurde.. Ab 2001 ist der Leiter der geistlichen jüdischen Gemeinde Dr. Simonas Alperavičius (Simon Alperovitch), der Älteste der choralen Synagoge ist Chajimas Glikas (Haim Glik).

Genrikas Agranovskis