Pandėlio bažnyčiai 1591 m. dovanota turto kunigui išlaikyti. 1674-1677 m. nurodoma maža mūrinė bažnyčia. Manoma, kad ji per Šiaurės karą (XVIII a.) sugriauta. 1720 m. minima medinė bažnyčia. 1761 m. įsteigtos Švč. Mergelės Marijos Rožančinės, 1765 m. - Šv. Onos brolijos. 1777 m. įsteigta parapinė mokykla.

Ignotas Koscialkovskis 1801 m. pastatė dabartinę plytų mūro bažnyčią. Pandėlyje 1812 m. kunigavo poetas Antanas Strazdas. Bažnyčiai 1832 m. priklausė Luokiškio palivarkas su Stanikūnų kaimu.

1863 m. areštuotas klebonas Adomas Jeselskis ir vikaras Petras Sinkevičius. 1864 m. paleisti, bet iš Pandėlio iškelti.

Šiaudinis bažnyčios stogas 1869 m. perdengtas skarda, padarytos išgaubtos lubos. Klebono A.Rubavičiaus rūpesčiu 1867 m. įrengti 13 registrų vargonai, 1872 m. perdažyti altoriai, 1880 m. pastatyta klebonija. Klebonas P.Viksva 1881 m. įdėjo medines grindis. 1886 m. įrengtos gipsinės Kryžiaus kelio stotys.

XIX a. pabaigoje bažnyčios bokštai buvo mediniai. Parapijiečiai 1910 m. nutarė bažnyčią pailginti, pristatyti mūrinį bokštą. 1915 m. bokštai nugriauti ir neatstatyti. 1909-1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.

Per Pirmąjį pasaulinį karą į Rusiją išvežti 3 varpai (1921 m. atgautas tik vienas). Klebono M.Šeižio pastangomis 1922 m. suremontuota bažnyčia, perdengtas stogas. 1922 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa. Klebono J.Mėlio rūpesčiu 1934-1936 m. bažnyčia vėl suremontuota, 1938 m. nudažyta. Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia ir ūkiniai pastatai gerokai nukentėjo. Po karo klebonas Jurgis Šimonėlis pastatus suremontavo. Klebonas profesorius Fabijonas Kemėšis (1879-1954) 1946 m. suimtas ir įkalintas, mirė tremtyje.

Bažnyčia klasicistinė, halinė (43x17 m), su siauresne apside, bokšteliu. Vienanavė. Turi 5 altorius. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Šventoriuje palaidotas altarista Alfonsas Strielčiūnas (1920-1988), klebonas Jonas Morkvėnas (1907-1981), kunigas Titas Vinkšnelis (1904-1982), 1949-1956 m. tremtinys.

Pandėlys
Mintis atstatyti bažnyčios bokštus kilo, pensininkui inžinieriui Albinui Jasiūnui, kilusiam iš Pandėlio parapijos Vilkelių kaimo, rengiant knygą apie Pandėlį. Buvo rasta 1908 metų bažnyčios su dviem bokštais nuotrauka. Inž. A. Jasiūnas 2003m. įkūrė „Iniciatorių sambūrį“ bokštų atstatymui. Be jo sambūryje dalyvavo tuometinis klebonas Bronius Balaiša, seniūnas, trys parapijos pastoracinės tarybos nariai ir trys mokytojai. Bet ne visus žavėjo mintis atstatyti bokštus. Buvo nuomonių: „Tiek metų stovėjo bažnyčia be bokštų, kam jų reikia“... Tačiau atkaklusis inž. A. Jasiūnas netrukus išvyko į Ameriką ieškoti rėmėjų. Paskelbė prašymą Amerikos lietuvių spaudoje. Po pusmečio sulaukė paramos. Aukojo Tautos fondas, Popiežiaus Leono XIII fondas, kraštietis Pranas Žagarys, Pandėlio parapijos žmonės, Lietuvos Respublikos vyriausybė. Ir štai 2005m. Vilniaus UAB „Montuotojas“ Panevėžyje montuoja bokštus. Panevėžio vyskupas Jonas Kauneckas, atsiliepdamas į tą statytojų entuziazmą, paprašė savo pažįstamą Vokietijoje kanauninką Gerhardą Langę padovanoti Pandėliui varpus, nes kokie bažnyčios bokštai be varpų.

Ir štai 2006 metų liepos 9d. Švč. Mergelės Marijos Vardo bažnyčios šventoriuje – ąžuolo lapais apipinta pakyla su joje įtvirtintais keturiais naujais varpais. Virš tako, vedančio į šventovę, taip pat išpuošto ąžuolo lapų girlianda, – gausybė mažyčių varpelių ir į bažnyčią plaukia minios žmonių. Į varpų šventinimo šventę atvyko vysk. J.Kauneckas, apaštalinis nuncijus P. S. Zurbrigenas, vokiečių katalikų kanauninkas Gerhardas Langė. Prie bažnyčios vartų parapijiečiai juos sutiko su lauko gėlių puokštėmis, medumi ir juoda duona. Dalyvavo Pandėlio klebonas kun. Kostas Balsys, kiti Rokiškio dekanato kunigai. „Tokia šventė, kad joje dalyvautų tiek garbingų svečių, gali pasitaikyti kartą per šimtą metų“, – teigė Pandėlio seniūnas Romualdas Varanius. Nuncijus dėkojo vyskupui ir klebonui už pakvietimą dalyvauti šioje šventėje.

Sausakimšoje bažnyčioje šv. Mišias už Pandėlio bendruomenę, už geradarius aukojo Panevėžio vyskupas J.Kauneckas su dvasininkais svečiais. Vyskupas J.Kauneckas itin šiltai atsiliepė apie šv. Mišiose dalyvaujantį vokiečių katalikų kanauninką G. Langę. Nors po kelių dienų dvasininkui sukaks 88 metai, tačiau jis sugebėjo įveikti tokią ilgą kelionę. Geradario dovanoti varpai Pandėliui – jau septintieji, skambėsiantys Lietuvoje. Pamokslo metu vyskupas apgailestavo, jog, rengiant Europos Sąjungos Konstituciją, joje buvo atsisakyta įrašyti Dievo vardą. Vysk. J.Kauneckas skatino tikinčiuosius savyje ieškoti gerumo daigų, būti pakantesnius ir nuolaidesnius kitų atžvilgiu. Jis gražiai atsiliepė apie Pandėlio ateitininkus, nes tai bene didžiausia Panevėžio vyskupijos ateitininkų kuopa. „Šiandien mūsų vyskupijos širdis plaka Pandėlyje“, - sakė vyskupas, šiaip nestokojantis gražių palyginimų.

Popiežiaus Benedikto XVI apaštalinį palaiminimą tikintiesiems ir jų šeimų nariams perdavė nuncijus P. S. Zurbrigenas. Aukštas svečias priminė, jog Šventasis Tėvas, lankydamasis Valensijoje (Ispanija), į lietuvių bendruomenės šeimas prabilo lietuviškai. Arkivyskupas ypač žavėjosi Pandėlio jaunimo giedojimu. „Daugelį pasaulio šalių išvažinėjau, tačiau tokių melodingų jaunųjų balsų ir taip įspūdingai skambančių varpelių dar nesu girdėjęs“, – kalbėjo Šventojo Tėvo apaštalinis nuncijus Baltijos šalims arkivyskupas Peteris Stephanas Zurbrigenas. Jo žodžius buvę bažnyčioje tikintieji ne kartą nutraukė audringais plojimais. Pandėlio parapijos klebonas kun. K. Balsys ir Pandėlio seniūnas R. Varanius garbingus svečius apjuosė tautinėmis juostomis.

Jauniesiems pandėliečiams skambinant daugybe varpelių, po šv. Mišių žmonės ėjo į šventorių prie kan. G.Langės dovanotų bronzinių varpų. Kiekvienam jų suteikti savi – Gerhardo, Liucijos, Jono ir Onos – vardai. Tai septintoji vokiečių dvasininko auka Lietuvai. Pirmieji geradario dovanoti varpai suskambėjo Telšių Šv. Antano Katedroje. Taip elgdamasis, kan. G.Langė bando nors truputį prisidėti prie vokiečių skolos grąžinimo mūsų tautai. Pirmojo pasaulinio karo metu jie išvežė iš Lietuvos varpus ir juos perlydė į ginklus. Pandėliui dovanoti varpai bus paskutinieji ne vien dėl ganytojo garbaus amžiaus, bet ir trūkstant lėšų.

Kiekvienas ant pakylos pakabintas varpas buvo šventinamas atskirai. Iškilmingoje jų šventinimo ceremonijoje dalyvavo vysk. J.Kauneckas, arkivysk. P.S.Zurbrigenas, kan. G.Langė, Pandėlio klebonas kun. K. Balsys. Teisė pirmajam išbandyti varpų skambėjimą buvo suteikta svečiui iš Vokietijos. Kan. G.Langė į rankas paėmė medinį kūjį, juo taukštelėjo į varpą. Nuaidėjo skardus dūžis. Pandėlio jaunimas vokiškai sugiedojo giesmelę apie varpus. Taip jis išreiškė savo pagarbą geradariui.

Pašventinus varpus, kalbėjo Seimo narys Vytautas Saulis, Rokiškio rajono meras Egidijus Vilimas, Pandėlio seniūnas R. Varanius. Šventinių iškilmių rengėjams, svečiams ir tikintiesiems dėkojo klebonas kun. K. Balsys. Po pamaldų varpai liko šventoriuje ir jais galėjo paskambinti visi norintieji. Iki vėlyvo vakaro skambėjo varpai (laikraštis „XXI amžius“ 2006m. liepos 14d.).

Naujieji varpai buvo įkelti į bokštus ir sistemingai pradėjo skambėti, švenčiant šv. Onos atlaidus. Rugsėjo 23d. (šeštadienį) minios pandėliečių vėl plūdo į bažnyčią, kur vyko specialiai bokštų šventinimui skirtos iškilmės. Į jas atvyko abu Panevėžio vyskupai - Jonas Kauneckas ir emeritas Juozas Preikšas, Rokiškio dekanas kunigas kanauninkas Juozas Janulis, kiti dvasininkai, rajono savivaldybės administracijos direktorius Virginijus Strazdas, rajono tarybos nariai, aukotojai. Pandėliečiai svečius, kaip ir liepą vykusiose varpų šventinimo iškilmėse, nustebino ypač skoningai ir originaliai papuošta bažnyčia, puikiai giedojo vaikų ir parapijos chorai. Šventei skirtame pamoksle Panevėžio vyskupas J.Kauneckas apžvelgė, kaip buvusioje Sovietų Sąjungoje atgimsta sugriautos bažnyčios, kalbėjo apie būtinybę atkurti žmogaus dvasinį gyvenimą, perdavė kunigo kanauninko Gerhardo Langės, paaukojusio Pandėlio bažnyčiai varpus, sveikinimą. Po šv. Mišių buvo pagerbtas Pandėlio bažnyčios bokštų statybos iniciatorius kraštietis inžinierius Albinas Jasiūnas, specialų padėkos raštą jam įteikė vyskupas J.Kauneckas, Pandėlio bendruomenės vardu ąžuolų vainiką ir padėką jam įteikė seniūnas Romualdas Varanius, bendruomenės pirmininkė.