Medinę bažnyčią 1754 m. pastatė Mykolas Venclauskas ir dovanojo jai daugiau kaip valaką žemes. Ji buvo Žemaičių Kalvarijos filija. 1825 m. pakeisti sienojai, bažnyčia ne kartą remontuota.

1850 m. simetriškai pirmajai pristatyta antroji zakristija. 1882 m. šventoriuje iškilo varpinė, o 1888 m. – nauja klebonija. Prie bažnyčios veikė Švč. Sakramento brolija ir Maldos apaštalavimo brolijos skyrius, įkurtas Lietuvių moterų draugijos skyrius. 1940 m. įsteigta Gegrėnų parapija. Pokario metais sumažėjus gyventojų, kunigas Gegrėnuose nebegyveno.