Ši vietovė Aliseiden vardu rašytiniuose šaltiniuose pirmą kartą paminėta 1253 metais. Ją galėjo sudaryti piliakalnis bevardžio Sruogos intako dešiniajame krante, vadinamas Žvėrinčiumi, Alsėdžių ežerai ir dar dvi gynybinės bei administracinės, o gal ir sakralinės paskirties kalvos, esančios dabartinio miestelio centre. Ant vienos iš jų XV a. buvo pastatyta bažnyčia, o ant kitos, esančios visai šalia, buvo įkurdintas vienas iš Žemaičių vyskupams priklausiusių dvarų. Tai buvo bene svarbiausia ir ne vieno Žemaičių vyskupo mėgstama rezidencija nuo XV a. vidurio iki 1841 m., kai caro valdžia konfiskavo Žemaičių vyskupo valdas Alsėdžiuose. Apie 1886 m. po gaisro rezidenciniai rūmai buvo nugriauti. Rūmų vietoje dabar pastatytas modernus mokyklos pastatas. Šiandieniame Alsėdžių kraštovaizdyje išliko buvusio rūmų sodo terasos ir sudėtingos tvenkinių sistemos liekanų.

Tapę rezidenciniu vyskupo dvaru, Alsėdžiai ėmė augti. Prie dvaro atsiradęs miestelis pažymėtas jau 1526 m. Bernardo Vapovskio žemėlapyje. 

Iki mūsų dienų Alsėdžiuose išliko 1789–1793 m. statyta medinė trinavė Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo bažnyčia. Tai jau trečioji bažnyčia nuo 1467 m. egzistuojančioje parapijoje. Joje gausu meno paminklų. Iš antrosios, XVII a. 5-ajame dešimtmetyje statytos bažnyčios čia perkeltas presbiterijos altorių ansamblis. XX a. pradžioje jis atnaujintas, kaip ir dviejų brolijų – Šv. Onos ir Šv. Barboros – altoriai. Juos tebepuošia daugelis senųjų paveikslų: XVII a. datuojamos meniškais aptaisais dengtos Šv. Baltramiejaus ir Šv. Onos drobės, XVIII a. – Šv. Barboros ir Šv. Agotos paveikslai. Abipus vargonų įkomponuotos bažnyčios fundacijų ir konsekracijos lentos. 

Dalia Klajumienė, Alsėdžiai, Vadovas po Lietuvos Didžiąją Kunigaikštystę, sudarytojos Aistė Paliušytė, Irena Vaišvilaitė, Vilnius: Lietuvos kultūros tyrimų institutas, 2012, p. 26–27.