Žeimiai - seniausia vidurio Lietuvos gyvenvietė, istoriniuose šaltiniuose minima jau XIV amžiuje.

Apie 1522 metus pirmąją Romos katalikų bažnyčią Žeimiuose pastatė Zavišos. 1565 metais bažnyčia atiteko reformatams. 1631m. balandžio 28 d. katalikai atgavo bažnyčią, pirmasis klebonas buvo kun. Kazimieras Parafijanavičius. 1720 metais Žeimių bažnyčios klebonas kun. Andrius Medekša padidino bažnyčią.

1889 metais buvo parengtas naujas mūrinės bažnyčios projektas. Nors projektas buvo patvirtintas Kauno gubernijos architekto, jis liko neįgyvendintas. 1898 metais vyskupas F. G. Cirtautas pašventino naujos statomos bažnyčios pamatus. Šventovės statymu rūpinosi klebonas kun. Matas Miežinis.

1906-aisiais Žemaičių vyskupo įgaliotas parapijos klebonas ir Žeimių dekanato dekanas kun. M.Miežinis pašventino naują bažnyčią, palikdamas senosios bažnyčios Švenčiausiosios Mergelės Marijos Gimimo titulą.

1915 m. rugpjūčio 8-9 d. rusai traukdamiesi užminavo bažnyčią. Sprogimo metu buvo stipriai apgadintas vienas bokštas, sutrupėjo nauji 4200 rublių kainavę vargonai, išbyrėjo visi vitražai. Rusai išgabeno vertingus varpus, kurių nepavyko atgauti. Vėliau, apie 1938 metus, buvo išlieti nauji varpai. Daugelį bažnyčios altorių sukūrė ir pagamino žeimietis Augustinas Meslinas. Šiuo metu Žeimių parapijai priklauso apie 3000 tikinčiųjų.