Stakliškių vardas (Stakelisken, Staghelisken) randamas jau XIV a. šaltiniuose. XV a. Stakliškės priklausė didžiojo kunigaikščio valdoms. Iki pat Abiejų Tautų Respublikos trečiojo padalijimo Stakliškės buvo valdovo nuosavybė ir jas valdė seniūnai. XVI a. antroje pusėje Stakliškių seniūnas buvo garsus Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės publicistas, istorikas ir teisininkas, Vilniaus miesto vaitas Augustinas Rotundas. Stanislovas Augustas Poniatovskis 1792 m. miesteliui suteikė savivaldos privilegiją ir herbą, kuriame pavaizduoti miesto mūrai su dviem bokštais, o virš miesto – Apvaizdos akis. 

XVIII a. Stakliškės garsėjo sūraus vandens šaltiniais. Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didysis etmonas Liudvikas Konstantinas Pociejus čia bandė įrengti druskos gamyklą, garinančią sūrų vandenį. XIX a. čia įsteigtas kurortas.

Šiandien Stakliškes garsina miesto seniūno Juozapo Boufalo funduota, 1770–1776 m. statyta mūrinė barokinė Švč. Trejybės bažnyčia. Jos interjeras garsėja labai menišku rokoko stiliaus šešių altorių, krikštyklos ir sakyklos ansambliu, gausiai dekoruotu polichromuotais gipso lipdiniais. Altoriai puošti XVII–XIX a. tapybos kūriniais. Ypač garsūs religinę šlovę pelnę XVII a. pabaigos – XVIII a. pradžios paveikslas „Ecce Homo“ šoniniame altoriuje ir didžiojo altoriaus titulinė XVIII a. drobė „Švč. Trejybė“. Apie 1790 m. bažnyčia įsigijo garsaus Vilniaus vargonų meistro Mikalojaus Jansono instrumentą, kurio prospektas išlikęs iki šiol. Bažnyčios prieangyje, prie švęsto vandens indo, maldininkus pasitinka įspūdinga medinė XVII a. Nukryžiuotojo skulptūra. Bažnyčios bokšte kabo 1631 m. Jokūbo Kenigo nulietas varpas. Netoli šventovės, šalia kelio, stovi XVIII a. barokinių formų mūrinis koplytstulpis, į kurį įkelta XX a. pradžios medinė Jėzaus, nešančio kryžių, skulptūra.

Dalia Klajumienė, Stakliškės, Vadovas po Lietuvos Didžiąją Kunigaikštystę, sudarytojos Aistė Paliušytė, Irena Vaišvilaitė, Vilnius: Lietuvos kultūros tyrimų institutas, 2012, p. 126–127.