1813 m. Vaidotų kaime, Vokės kairiajame krante, buvo pastatyta koplyčia.
Dabartinė mūrinė bažnyčia pastatyta 1910 metais. Ją pastatė grafai Hilarijus ir Vladimiras Lenskiai. Anksčiau ji buvo vadinama Baltosios Vokės Šv. Apaštalo Pauliaus Atsivertimo bažnyčia. Bažnyčia neobarokinė, kryžminio plano, bebokštė su apside. Vidus trijų navų, bazilikinis, dengtas cilindriniais skliautais. Navas skiria pilioriai. Šventoriuje stovi plieno strypų varpinė [3, 4].

Nuo 1949 m. Vaidotų bažnyčioje klebonavo ir prieglobstį rado kunigas, ikikarinės Vilniaus karaliaus Žygimanto Augusto gimnazijos prefektas, garbės kanauninkas Leopoldas Chomskis (1885–1982) (palaidotas šventoriuje). Vilniaus gimnazijoje jis mokė religijos ir poetą, būsimąjį Nobelio premijos laureatą, Česlova Milošą (1911–2004).