Rokiškio grafas Jonas Pšezdeckis 1908 m. prašė leidimo mūriniame Lukštų palivarko spirito varyklos pastate įrengti koplyčią ir skirti kunigą. Rengiant projektą paaiškėjo, kad sienos per silpnos ir netinkamos koplyčiai. Parengtas naujas koplyčios projektas, 1911 m. ji pradėta statyti. J.Pšezdeckis 1910 m. bažnyčiai skyrė 15 ha žemės, gyvenamąjį namą klebonijai, klojimą, kuriame įrengta laikina bažnyčia. 1911 m. į Lukštus atvyko Rokiškio vikaras Pranas Vainauskas. 1912 m. valdžia bažnyčios statybą sustabdė, nes statyta ne visai pagal projektą. Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai išvogė statybines medžiagas. Akmenų mūro bažnyčia baigta statyti tik 1925 m. Jai 1927 m. birželio 13 d. suteiktos parapijos teisės, paskirtas klebonas, iki tol kuratas, Bronius Strumyla. 1928 m. rugpjūčio 18 d. bažnyčią konsekravo vyskupas Kazimieras Paltarokas. Kunigo Liudviko Povilonio pastangomis 1937 m. nupirktas varpas. Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia apgriauta, po karo suremontuota. Nuo 1969 m. klebonaujantis Lukštuose Leonardas Tamašauskas 1949-1956 m. buvo kalintas.

Bažnyčia istoristinė, turi neoromaninio ir neobizantinio stiliaus bruožų, stačiakampio plano (36x13 m), su apside, 2 bokšteliais. Prie šonų priglaustos mažos ir žemos zakristijos. Vidus 3 navų. šventoriaus tvora akmenų mūro.