Pirmoji bažnyčia pastatyta 1794 m., antroji – 1843 m. Už dalyvavimą 1863 m. sukilime konfiskuotas K. Stanevičiaus Kaunatavos dvaras. Kadangi kunigą išlaikė dvaras, tai nelikus jo nuo 1866 m. bažnyčia neveikė. Bažnyčios liturginius reikmenis perėmė Luokės klebonas ir perdavė Ubiškės bažnyčiai. Atkeldinti rusai 1871 m. prašė bažnyčią perduoti stačiatikiams. Kauno gubernatorius nesutiko ir 1872 m. įsakė nugriauti (įsakymas neįvykdytas).|

1879 m. leista bažnyčią remontuoti ir joje laikyti pamaldas (remontas kainavo 1000 rublius). 1893 m. bažnyčia parduota iš varžytinių už 81 rublius ir nugriauta. 1924 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia veikė filijos teisėmis.