Kapočiai, pirmieji Kapčiamiesčio savininkai, buvo stačiatikiai, todėl jie neįsteigė vietos gyventojams katalikams bažnyčios. Šios vietos greičiausiai priklausė Berzininko parapijai, nors tuo laiku ir nebuvo nustatytos aiškios parapijos ribos. Tada kaimo žmogus priklausė tai bažnyčiai, kokiai priklausė jo ponas, tai yra dvarininkas.
Kai Kapočių turtai Kapčiamiestis, Justinavas ir kitos valdos perėjo kunigaikščiui Mikalojui Oginskiui iš Kozielsko, Trakų kaštelionui ir Radoškovičių seniūnui, tada ir pasirūpinta Kapčiamiestyje įkurti bažnyčią. Oginskio 1724 m. Pastatytoji bažnytėlė buvo nedidelė, medinė, panašėjo į koplyčią. Ji parapijos teisių neturėjo, aptarnaudavo ją Gardino pranciškonai arba Berzininko kunigai. Kaip atrodė Oginskių statyta bažnytėlė, nesant išlikusių aprašymų, negalima pasakyti. Iš Oginskių Kapčiamiestis perėjo Masalskių žinioj, Vilniaus vyskupas Ignotas Masalskis tapo šios bažnyčios globėju. Jis šiai bažnyčiai 1744 m. išrūpino parapijos teises. Be to Masalskis padarė užrašą, kad Veisiejų dvaras turėjo kasmet mokėti nuošimtį (nuo 4000 lenkiškų auksinių) Kapčiamiesčio klebonui. Vėliau bažnyčią apdovanojo ir kiti didikai: Zofija Tiškevičienė 2000 lenkiškų auksinių, Masalskis 160 lenkiškų auksinių, generolienė Šlioginorė 400 lenkiškų auksinių, Jasinskas užrašė bažnyčios išlaikymui 5 procentą nuo 2000 lenkiškų auksinų. Žemės bažnyčiai priklausė 1 valakas ir 5 margai bei 2 margai balų. Kada Kapčiamiestis atiteko Tiškevičiams, šie pasirūpino ir bažnyčia. Nors laikai buvo neramūs ir nepastovūs 1800 m. Pijaus Tiškevičiaus rūpesčiu bažnyčia buvo iš pagrindų perstatyta, padidinta ir išpuošta. Šiai bažnyčiai buvo lemta išstovėti netoli pusantro šimtmečio ir matyti, ir svarbių, ir didelių įvykių.

1831 m. Kapčiamiesčio bažnyčia atrodė sekančiai: ant aukšto akmeninio pagrindo ištašytų sienojų, dengta gontais, be bokštų, tik su geležiniu kryžiumi priekio viršuje. Bažnyčia stovėjo priekiu atsukta į pagrindinę gatvelę.

Bažnyčios viduje buvo trys altoriai. Didžiajame kryžius su didele Kristaus skulptūra. Dešiniajame šoniniame altoriuje buvo labai seni paveikslai, tapyti ant drobės, tai Šv. Trejybės (žemiau) ir Šv. Juozapo (aukščiau). Kairiajame buvo naujas Dievo Motinos paveikslas, tapytas ant drobės. Buvo keturi nešami procesijoje altorėliai, du iš jų labai dailūs. Vienas iš jų su Jėzaus ir Marijos Vardo paveikslėliais, antras irgi su Jėzaus ir Marijos paveikslėliais, patalpintais po stiklais. Vargonai dailaus darbo, aštuonių balsų.

1831 m. Kalėdų išvakarėse vietos klebonas Motiejus Helmanas laikė gedulingas pamaldas už Justinavo dvare mirusios Emilijos Pliaterytės (vienos iš 1831 m. Sukilimo vadų) sielą. Prie karsto stovėjo Veisiejų dvaro savininkas kunigaikštis Oginskis, pulkininkas Hofmanas ir Ablamavičius. Jie Emilijos Pliaterytės kūną iš Justinavo dvaro atvežė slapčia ir pamaldos buvo laikomos uždaroje bažnyčioje. Po pamaldų laidotuvės įvyko vietinėse kaimo kapinaitėse (dabar senosiose). Laidotuvės buvo tylios ir kuklios, nes apylinkėse buvo rusų kariuomenės. Šalimais supilto kapo pasodinti keturi tuopos ir visi laidotuvių dalyviai išsiskirstė. Vėliau ši vieta buvo paženklinta baltu akmeniu su vieninteliu žodžiu „Emilija“.

Ablamavičiai Kapčiamiestį įsigijo 1820 m. Jie mylėjo kuklią Kapčiamiesčio bažnyčią, ją šelpė ir puošė. 1851 m. Įtaisė varpą, kuris išliko iki mūsų dienų. Ant minėto varpo (dabar stovi šventoriuje sugadintas) yra užrašas:

CAMPANA NOM:
AD ECCL PAROCIL: KOPCIOVIEN SEM
FUNDATIO IGNATIO ABLOMOWICZ
COLL: AN DMI 1851

Taisoma ir puošiama, kad ir kukli, bet gražiai ir jaukiai atrodė Kapčiamiesčio bažnyčia. 1866 m. Vėl naujai atremontuoti 8 balsų vargonai. Po 1863 m. Sukilimo žemė ir visi piniginiai užrašai buvo atimti rusų valdžios.

1869 m. Kapčiamiesčio bažnyčia buvo vėl didelio įvykio liudininkė.

1869 m. gegužės mėn. 31 d. Rytą Seinuose buvo paimtas išvežti tremtin Seinų vyskupas Konstantinas Irenijus Lubenskis (Seinų vyskupijai vadovavęs nuo 1863 m.). Jis buvo vežamas į Gardiną pro Berzininką, Kapčiamiestį, Sapackinę. Kapčiamiestyje sustojo pailsėti. Įėjęs į bažnyčią puolė kryžium ant žemės ir karštai meldėsi, po to klebonijoj buvo duoti pietūs. Vyskupas Lubienis kelyje susirgo ir nepasiekęs tremties vietos Permės gubernijos, mirė Žemutiniam Naugarde.

1875 m. bažnyčioje įtaisyti gražūs ir geri 5 balsų vargonai. Šiais vargonais grodavo dvylikametis grodavo ir vėliau parvažiavęs iš Petrapilio, jau būdamas garsus muzikas vargonininkas ir kompozitorius.

1894 m. kun. Jurgis Zienius sumanė padidinti Kapčiamiesčio bažnyčią, pristatydamas koplyčias ir zakristiją. Buvo pristatyta kairioji koplyčia ir gale bažnyčios trisienė zakristija, antra koplyčia ryšium su kun. Zieniaus iškėlimu liko nepastatyta. Tik praslinkus 10 – čiai metų vietos klebonas kun. Motiejus Guogas pristatė koplyčią ir iš dešiniojo bažnyčios šono. Kun. Motiejaus Guogo rūpesčiu buvo perstatyta erdvi klebonija, aptvertas šventorius iš didelių lauko akmenų mūro tvora. Maždaug tuo laiku pastatytas bažnyčiai laiptuotas bokštelis. Bažnyčia padidinta koplyčiom, papuošta bokšteliu, su patogia zakristija, su erdviu šventorium prastovėjo I – mą Pasaulinį karą ir tarpukario metus ir sulaukė II – ojo Pasaulinio karo 1941 m. birželio mėn. 22 d. Kaip atrodė bažnyčios vidus tarpukario metais smulkiai nežinome. Yra išlikusių nuotraukų, kuriose matosi bažnyčios išorė ir yra nuotrauka centrinės dalies didžiojo altoriaus, iš kurios matyti, kad tuo metu didžiame altoriuje buvo šv. Trejybės paveikslas, matyt šiuo paveikslu buvo užleidžiama Nukryžiuotojo skulptūra. Ar buvo altoriai koplyčiose kol kas nežinoma.

Pirmą karo dieną 1941 m. birželio mėn. 22 d. buvo uždegtas miestelio centras. Esant sausam orui ugnis persimetė į gontais dengtą bažnyčios stogą ir bažnyčia užsidegė. Kai kas iš inventoriaus dar suspėta išnešti, altorėliai, procesijos kryžius, klausykla. Senoviniai, turį meninės vertės paveikslai, altoriai, vargonai, kartu su bažnyčios sienomis ir stogu trumpu laiku sutirpo liepsnose ir po valandos liko tik žėruojančių anglių ir nuodėgulių krūva. Klebonija liko nesudegus. Tuometinis klebonas kun. Kajetonas Zdančius labai pergyveno bažnyčios sunaikinimą.

Yra ir kita versija, kad bažnyčia buvo padegta rusų kareivio, kurį belipantį per šventoriaus mūrą, pašovęs vokietis. Dabar kaip viskas buvo patikrinti negalima. Frontui pasistūmus į rytus, susirūpinta bažnyčios reikalais. Rusai Bugiedos miške buvo susistatę kareivines - barakus. Vieną tokį baraką naujas Kapčiamiesčio klebonas kun. A.Keblaitis išgavo nuo vokiečių ir parvežęs į Kapčiamiestį, pastatė į pietus nuo šventoriaus, manydamas ateityje ant sudegusios bažnyčios pamatų pastatyti naują bažnyčią. Bet laikai buvo neramūs, ateitis neaiški, karas užsitęsė, grįžo frontas ir laikinoji bažnyčia - barakas tarnavo Kapčiamiesčio parapijai 15 metų. Kad buvo nepastatyta bažnyčia per tiek metų buvo daug priežasčių: neramūs pokario metai, kunigų Keblaičio ir Šivoko areštas, parapijos palikimas be kunigo ir sunki materialinė padėtis. Tik kunigui Aleksandrui Labanauskui susidarė proga pastatyti Kapčiamiestyje bažnyčią. Į Kapčiamiestį A.Labanausas atsikėlė 1950 m. Padėtis buvo nepavydėtina, klebonijos buvo nacionalizuotos, bažnyčia karo metu sudegus, laikinoji bažnyčia - barakas stovėjo pasviręs šalia šventoriaus. Apsigyvenęs Kapčiamiestyje kun. Labanauskas per kelis metus susipažino su padėtim ir ryžosi dideliam darbui - bažnyčios statybai. 1956 m. paprašė leisti laikiną bažnyčią - baraką perkelti ant šventoriaus ant buvusios bažnyčios pamatų. Davė žodinį leidimą Veisiejų rajono vykdomojo komiteto. pirmininkas. Sinica, tuo laiku buvo sekretoriumi Madrikas.. Perkėlimą argumentavo, kad laikina bažnyčia yra prieš pat. mokyklą ir iš to susidaro trukdymai ir nepatogumai abiem pusėms. Gavus šiek tiek medžio medžiagos, ant buvusių pamatų užklojo keletą naujų vainikų, padarydami šiek tiek ilgesnę ir platesnę, išardė griūvantį baraką ir perkėlė ant naujai suklotų vainikų. Gavosi daug aukštesnė bažnyčia. Meistrai norėjo statyti paprastą, panašią į kluoną, bet kun. Labanauskas šį pasiūlymą atmetė ir pasiūlė, kad būtų panaši į bažnyčią. Jo sumanymų ir laikėsi. Gavosi gana graži bažnyčia. Statybai vadovavo meistrai Kazys Sadeckas ir Juozas Krasickas, talkininkavo visų kaimų žmonės. Aukos buvo renkamos ne tik Kapčiamiesčio parapijoje, bet ir kaimyninėse: Gerdašių, Leipalingio, Veisiejų, Seirijų, Šventežerio, Šlavantų, Lazdijų bei tolimesnėse, kaip Sasnavoje, Griškabūdyje ir kitur. Gausiai aukojo kaimyninės Baltarusijos tikintieji. Asmeniškai paaukojo bažnyčios statybai Sasnavos klebonas K. Miliauskas, kun. V.Degutis, Teolino (Baltarusijoje) klebonas Navosadko.

Daugelis žmonių labai stropiai ir nuoširdžiai dirbo: Sadeckas Vladas, Juškaitis Pranas, Juškevičius Vincas ir kiti.

1956 m. rugsėjo mėn. 9 d. per Marijos gimimo atlaidus įvyko naujos Kapčiamiesčio bažnyčios atidarymas ir pašventinimas.

Šventinimo apeigas pravedė Vilkaviškio vyskupijos kancleris kun. Andrius Gustaitis, atlaikė sumą ir pasakė pamokslą šventoriuje. Visiems, prisidėjusiems prie statybos padėkojo kun. A.Labanauskas. Baltarusijos tikintiems kalbėjo kun. Vincas Akelis (Jo kalbą išvertė).

Iškilmėse dalyvavo kunigai: Vilkaviškio vyskupijos kancleris kun. Andrius Gustaitis, iš Kauno atvykęs kun. B.Vaišnoras, Leipalingio klebonas V.Akelis, Veisiejų klebonas M.Pudzinskas, Gerdašių klebonas B.Bagdonas, Krikštonių altarista A.Jašmanta, Paveisninkų klebonas P.Aušiūra, Kapčiamiesčio klebonas A.Labanauskas.
Ta proga buvo pašventintos kryžiaus kelių stotys - stacijos, po to įteikta atminimo dovanos Vilkaviškio vyskupijos valdytojo Juozapo Stankevičiaus vardu visų pirma meistrui Juozapui Krasickui ir daugeliui darbininkų.

Bažnyčios ilgis 31 m (prieangis 2 m, centras 22 m, presbiterija 7 m), plotis 11,6 m, aukštis šonuose 4,8 m, vidurinėje navoje 8,75 m, aukštis su bokštu 19 m. Tūris 330 m³.

Stacijas nupirko iš Sasnavos klebono Miliausko. Tais pačiais 1956 m. įvesta ir elektra.

Pradžioje bažnyčia atrodė paprastai, bet pamažu šį tą pataisant, patobulinant gavosi visai graži, nors ir kukli bažnyčia.

1957 - 1959 m. savamokslis meistras Sideravičius iš Kudirkos Naumesčio (plačiai žinomas kaip arklių skulptūrų autorius) padarė visus tris gotiškus altorius, sakyklą ir tubernakulį.

1959 m. bažnyčia iškalama lentelėmis ir išdažoma. Daug pasidarbavęs kun. Labanauskas ir pavargęs nuo darbų, pasiprašė atleidžiamas nuo klebono pareigų.
1966 metų į pabaigą atvykęs naujas klebonas Juozas Zdebskis uoliai darbavosi dvasiniam darbe, bet neužmiršo ir bažnyčios pastato. Pervedė naujai elektrą, naujai nudažė suolus, grindis, iš lauko pusės bažnyčios langus.

1960 - 1970 metais buvo pasiūta bažnytinių rūbų: 20 kamžų, 6 albos ir 8 arnotai įvairių spalvų. Įtaisyta šv. Kazimiero vėliava, austa liaudies menininkų. Atremontuota šv. Antano vėliava. Padaryta naujas katafalis. Iškirsta langai bažnyčios fasade ir naujai nudažyta bažnyčia iš lauko pusės. Be šių darbų dar buvo vykdoma klebonijos statyba ir 1969 m. gruodžio mėn. klebonas jau galėjo apsigyventi naujam pastate, nes buvo įrengta virtuvė ir vienas kambarys.

1971 m. toliau buvo vykdomi klebonijos įrengimo darbai, pastatytas ūkinis pastatas, iškastas šulinys.

Sekančiais metais (1972 m.) bažnyčioje buvo pertvarkyti altoriai. Kairės pusės šoniniam vietoj Marijos paveikslo įdėta graži Marijos statula, dešiniajame Švč. Jėzaus širdies statula. Didžiojo altoriaus nišose pastatytos šv. Juozapo ir šv. Antano statulos, toliau nuo altoriaus presbiterijoje pastatyta šv. Pranciškaus statula, prie piliorių pakabinami angeliukai, o netoli vargonų pakabinamas žirandelis, perdažytos grindys, iškastas šventoriuje šulinys. Daryta rinkliava bažnyčios stogui skardai nupirkti. Buvo nupirkta juoda skarda. Klebonija apkalta lentelėmis ir nudažyta. Sekančiais metais (1973 m.) pagal vyskupo raginimą buvo padarytos grotos zakristijos languose, nudažyta ūkinis pastatas, ruošiama skarda bažnyčios stogui, nudažyta laku ir baltos bronzos milteliais. Šiek tiek patvarkytas kun. Simono Lapinsko kapas, paminklas ir antkapis.

1974 m. vasarą buvo dengiama bažnyčia skardiniu stogu. Skardininkas Laukaitis iš Kapsuko atliko perdengimo darbus. Bažnytėlė labai pagražėjo, truputį paaukštėjo didžiojo bokšto viršutinis bokštelis, apsikalė lentelėmis, gražiai sutvarkyti bokšteliai, skardinis stogas bažnyčią padarė patrauklią.

Gražinama ir puošiama bažnytėlė įgavo liaudies meno bruožų ir atspalvių ir imta vertinti kaip įdomus liaudies meistrų kūrinys. Sutvarkytas šventorius, medeliai išaugo į didelius medžius suteikdami pavėsį. Medžių paunksmėje visa eilė suolų, yra šulinys, aukštas geležinis kryžius, pora medinių kryžių. Prie bažnyčios sienos šv. Kazimiero jubiliejui atminti gražus kryžius, šiauriniam šventoriaus pakraštyje prisodinta visokių dekoratyvinių krūmų ir medelių. Bažnyčia ir toliau tvarkoma, šis tas pataisoma, naujai padaroma. Padarytos dvi gražios klausyklos, didžiajame altoriuje įdėtas naujas gražus Kristaus Nukryžiuotojo paveikslas. Vėl rengiamasi bažnytėlę nudažyti iš lauko pusės, vis norima, kad būtų gražiau ir mieliau, ir akims, ir širdims.