Vadaktuose 1744–1773 m. veikė jėzuitų misija. Pastarieji čia buvo įsirengę koplyčią. Dvaro savininkai Juozapas Juodkevičius ir Bogumila Juodkevičienė 1697 m. (kitur minima, 1797 m.) pastatė medinę bažnyčią. Jai paaukojo 29 margus žemės ir 1000 talerių (1350 sidabro rublių vertės). 1880 m. - 1883 m. naujieji dvarininkai Agota Liutkevičienė ir Zigmantas Liutkevičius perstatė ir restauravo bažnyčią, kol ši įgavo dabartinę išvaizdą. 1890 m. gegužės 22 d. ją konsekravo vyskupas Mečislovas Leonardas Paliulionis. Šventoriuje yra pastatytas dvarininkų Liutkevičių mauzoliejus.

Vadaktuose daugiau kaip 40 metų (1957–1999, vėliau – emeritas) dirbo parapijos klebonas, poetas, tautosakos rinkėjas Antanas Valantinas (1916–2004).

Apie bažnyčios varpinę ir jos varpą

2013 m. gegužės 22 d. buvo pavogtas bronzinis Šv. Agotos bažnyčios varpinės varpas (nulietas 1883 m.). Varpas buvo sudaužytas į smulkias dalis ir parduotas metalo laužo supirktuvėje. Naują varpą 2018 m. miesteliui padovanojo Lenkijos visuomenė. Ant bronzinio, 420 kg sveriančio varpo išlieta ir Krekenavoje esančio, stebuklingomis galiomis garsėjančio Dievo Motinos paveikslo kopija. Varpo dovanojimo akte rašoma, kad lėšos, skirtos varpo gamybai, buvo suaukotos lenkų visuomenės, gamybą parėmė ir Lenkijos tautinis fondas. Varpas kol kas vadinamas rašytojo, Nobelio premijos laureato Henriko Senkevičiaus vardu – Henrykas, vėliau jis bus pašventintas Jono Pauliaus II vardu. Varpą puošia užrašas lietuvių ir lenkų kalbomis: „Henryko Sienkiewicziaus – Laudos praeities dainiaus atminčiai. Abiejų valstybių atgimimo šimtmečiui. Lenkai-lietuviai. Skambinu širdžių tvirtybei – Henryk".

 Įdomu, jog spontaniškai susibūrusiam komitetui dėl naujo varpo bažnyčiai gamybos ir dovanojimo, vadovavo varšuvietis Lechomiras Domaševičius (Lechomir Domaszewicz). Jo giminė kilusi iš istorinio Liaudos regiono, o jis pats buvo pakrikštytas . Vienas jo protėvių Jonas Domaševičius šaltiniuose minimas kaip varpų liejikas Lietuvoje. Žinoma, kad šis asmuo 1698 m. nuliejo varpą Žemutinio Kazimiero (Kazimierz Dolny) bažnyčiai Lenkijoje.

2016 m. rugsėjo 19 d. ant Vadaktų bažnyčios fasado, dalyvaujant lietuvių ir lenkų delegacijoms, atidengta memorialinė lenta lenkų rašytojui Henrikui Senkevičiui. Būtent čia garsus rašytojas gyveno, kūrė, tad jo garbei ant bažnyčios atidengta ir mirties metinėms skirta atminimo lenta. Šią lentą finansavo Lenkijos Kultūros ir Nacionalinio Paveldo Ministerija bei Nacionalinis Kelcų muziejus.