Iškirtus miškus, įdirbus žemes ir atsiradus tam tikram skaičiui gyventojų, kaip ir kiekvienoje vietoje, Veiveriuose iškilo reikalas įsteigti kapines ir pasistatyti maldos namus. Kol įsikurdavo reikiamas skaičius kaimų, pajėgiančių pasistatyti bažnyčią, arba bent ją pripildyti tam tikru skaičiumi tikinčiųjų, pirmiausiai buvo įrengta koplyčia.

Veiveriuose koplyčia buvo pastatyta XVIII a. antroje pusėje. 1818 m. jos vietoje Fredos dvaro savininkas Godlevskis pastatė medinę koplyčią, kuri buvo Zapyškio filija. Ją aptarnavo Zapyškio vikarai. Dar iki koplyčios pastatymo Veiverių ir apylinkių kaimų gyventojai buvo registruojami bažnytinėse knygose. Taip 1744 m. ir atsirado Veiverių vardas Vilniaus sinodo bažnytinių bendruomenių sąrašuose.

Tada Veiverių kaimas priklausė Kauno parapijai. 1853 m. Jozefas Godlevskis pastatė mūrinę šv.Liudviko bažnyčią, kurią 1887 m. konsekravo Seinų sufraganas vyskupas Juozapas Oleka. Parapijos teisės Veiveriams suteiktos jau 1846 m. Nuo tada Veiveriai turėjo nuolatinius klebonus. Pirmasis buvo kun. F. Rinkevičius (1846-1854). Vėliau parapiją valdė šie klebonai: kun. J. Dielininkaitis (1854-1858), kun. Prūselaitis (1864), kun. Šipauskas (1877). Po jų čia klebonavo kun. Natkevičius, Petras Paulius Bulvičius, kun. Antanas Vebeliūnas (1927-1928), Ignas Starkus (1928-1933).

Bene giliausius pėdsakus ne tik parapijos, bažnyčios, bet ir kitatikių bei netikinčių sąmonėje paliko kun. Mykolas Krupavičius (1933-1935).Jis perstatė begriūvantį bokštą, bažnyčią padidino dviem priestatais, sutvirtino lubas, perdėjo grindis, išpuošė sienas, parūpino plytas klebonijos statybai, bet, nesuspėjąs jos pastatyti, buvo iškeltas į Kalvariją. Jis buvo veiklus žmogus, buvęs valstybės kūrėjas, žemės ūkio ministras ir žemės reformos bendraautorius.

M. Krupavičiaus pradėtą darbą nuo 1935 m. sėkmingai tęsė kun. Juozas Šalčius (jis ir monografijos „Veiveriai“ autorius). Klebonaujant J. Šalčiui, buvo pastatyta klebonija. Dar prieš karą kun. J. Šalčių pakeitė kunigas Vincentas Dumčius. Jis čia buvo per visus pokario metų žiaurumus, matė klebonijos kieme ir tvarte išdarkytus partizanų lavonus, matė kaip grubiai draudžiamas tikėjimas. Per šitiek metų suaugęs su šita parapija ir bažnyčia, čia ir amžinam poilsiui atgulė jos šventoriuje. Sulaukusį labai garbingo amžiaus jį pakeitė kunigas Degutis, tačiau netrukus jis buvo iškeltas. Kun. Degutį pakeitė kun. Antanas Pangonis. Jam sušlubavus sveikatai, į jo vietą klebonauti atvyko darbštus, galima sakyti, savo rankomis nelengvais laikais pastatęs bažnytėlę Sangrūdoje, kunigas Kazimieras Skučas. Kunigą K.Skučą keitė kunigas Robertas Bruzga.