Первый деревянный храм в городе Аникщяй был построен в 1867 году. В 1873 году неподалеку от него был воздвигнут новый каменный храм в честь святого Александра Невского, который был построен на пожертвования и оборудован на казенные средства.

Во время Первой Мировой войны храм был разграблен. В 1922 году управление района просило Департамент вероисповеданий передать здания, принадлежащие приходу, школе. Но эта просьба не была полностью удовлетворена. Было отобрано только 56 гектар земли и церковный дом, в котором оборудован школьный класс, поселились учителя.

По данным Епархиального Совета в 1937 году в приходе было 386 человек. В 1946 году – около 450 человек.

Советской властью приход был официально зарегистрирован в 1947 году.

В настоящее время на службы собирается около пятнадцати человек.

Службы совершаются регулярно — по субботам каждую вторую неделю. Но храм открыт на буднях для посещения задержан и туристов.