XVI a. pradžioje Anykščiuose, šalia dvaro, buvo pastatyta pirmoji medinė stačiatikių bažnyčia (cerkvė), skirta Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Aleksandro (1460-1506) žmonai stačiatikei Jelenai Ivanovnai (1476-1513). Po jos mirties maldos namai buvo apleisti ir 1526 ar 1529 m. nugriauti. Tik 1863-1867 m. Anykštos dešiniajame krante, netoli buvusios dvarvietės, vėl buvo pastatyta ir 1867 m. rugsėjo 24 d. Kauno arkivyskupo Aleksandro Dobrynino pašventinta nauja laikina medinė stačiatikių bažnyčia. Carinės Rusijos administracijai 1871 m. skyrus lėšų naujai mūrinei Šv. palaimintojo kunigaikščio Aleksandro Neviškio stačiatikių bažnyčiai, ji netoli medinės buvo pastatyta 1871-1873 m., ją 1873 m. rugsėjo 17 d. pašventino Surdegio vienuolyno archimandritas Leonidas (Michailas Iljaševičius), bažnyčia naudojama iki šiol, atnaujinta ir suremontuota XX a. pradžioje ir XXI a. pradžioje. Anykščių stačiatikių parapijoje tarnavo kunigai: 1867-1875 m. – Aleksandras Čestnojus, 1876-1880 m. – Joanas Savickis, 1880-1883 m. – Joanas Kudriavcevas, 1883-1889 m. – Nilas Šaninas, XIX-XX a. sandūroje ilgą laiką – Joanas Budnikovas.

1937 m. stačiatikių parapijoje buvo 386 tikintieji, 1926-1935 m. parapiją aptarnavo Utenos šventikas, 1935-1940 m. klebono pareigas ėjo Nikolajus Savickis. 1946 m. parapija turėjo 450 tikinčiųjų, iki 1959 m. tarnavo klebonas Aleksandras Vlasovas, kol atsisakė dvasininko luomo. 1965-1987 m. parapiją aptarnavo Inturkės (Molėtų r.) šventikas jerovienuolis Nikodimas (Mironovas), vėliau Anykščiuose įsikūrė tėvas Nikonas (Vorošilovas). Nuo 2006 m. stačiatikių parapijos klebonas yra tėvas Aleksejus Smirnovas, reziduojantis Panevėžyje, stačiatikių Kristaus Prisikėlimo parapijoje. Maldos namų šventorius aptvertas metaline tvora, jame yra dvi XIX a. pabaigos kapavietės. Šiaurrytiniame Anykščių pakraštyje yra rusų stačiatikių ir sentikių kapinės, jose laidojama.